四平衛校為副縣級事業單位，隸屬市衛生局管轄。學校下設25個處室（學科），黨委下設6個黨支部，具體如下：
一、處室（學科）
學校辦公室 黨委辦公室 學生處 教務處 督學辦
護理學科 藥學學科 臨床醫學學科 醫學基礎學科 文化基礎學科
實驗管理中心 剖檢中心 現代教育技術中心 科研辦 圖書館
招生辦公室 實訓就業辦公室 聯合辦學辦公室 人事處 財務處
工會 團委 審統辦 保衛處 總務處
二、黨支部
教管黨支部 教輔黨支部 專業課黨支部 基礎課黨支部 機關黨支部
總務黨支部 老干部黨支部